公元625年春季正月丙辰日，朝廷任命寿州都督张镇周为舒州都督。张镇周因舒州本是自己的故乡，到任后便在旧宅大量购置酒肉菜肴，召集亲戚老友尽情宴饮，他披散头发、伸腿而坐，如同平民时一般，这样持续了十天。之后他分赠金银布帛，哭着与众人告别：“今天我张镇周还能与老友欢聚痛饮，明日之后，我就是治理舒州百姓的都督了，君臣礼仪有别，不能再与大家交往亲近。”从此，亲戚老友犯法，他一概不纵容，舒州境内秩序井然。
丁巳日，朝廷派遣右武卫将军段德操攻占夏州地区。接着，吐谷浑侵犯叠州。
当月，突厥、吐谷浑分别请求与中原通商，朝廷下诏全部批准。此前，中原历经战乱，百姓缺乏耕牛，到这时借助与少数民族的贸易，各类牲畜遍布原野。
夏季四月乙亥日，党项族侵犯渭州。
甲申日，皇上前往鄠县，在甘谷狩猎，并在终南山营建太和宫；丙戌日，返回宫中。
西突厥统叶护可汗派遣使者请求通婚，皇上对裴矩说：“西突厥路途遥远，遇到紧急情况无法相互援助，如今他们请求通婚，该如何应对？”裴矩回答：“如今北方的敌寇正强盛，从国家当前利益考虑，应当采取‘远交近攻’的策略，我认为应当答应通婚以威慑颉利可汗；等几年后中原实力充实，足以对抗北方少数民族，再慢慢考虑后续事宜。”皇上听从了他的建议，派遣高平王李道立前往西突厥，统叶护可汗十分高兴。李道立是皇上的侄子。
起初，皇上因天下大致平定，撤销了十二军。不久后突厥不断侵犯边境，辛亥日，朝廷重新设置十二军，任命太常卿窦诞等人担任将军，精选士兵战马，商议大举进攻突厥。
甲寅日，凉州胡人睦伽陀引领突厥袭击都督府，攻入内城；长史刘君杰将其击败。
六月甲子日，皇上前往太和宫。
丙子日，朝廷派遣燕郡王李艺驻守华亭县及弹筝峡，水部郎中姜行本截断石岭道，以防备突厥入侵。
丙戌日，颉利可汗侵犯灵州。丁亥日，朝廷任命右卫大将军张瑾为行军总管抵御突厥，中书侍郎温彦博为长史。此前，皇上给突厥的书信采用对等国家的礼仪，秋季七月甲辰日，皇上对侍臣说：“突厥贪婪无度，我将要征讨他们，从今往后不再给他们写书信，全部改用诏书敕令。”
丙午日，皇上返回宫中。己酉日，突厥颉利可汗侵犯相州。接着，睦伽陀进攻武兴。
丙辰日，代州都督蔺謩与突厥在新城交战，失利；朝廷又命令行军总管张瑾驻守石岭，李高迁奔赴大谷抵御突厥。丁巳日，朝廷下令秦王李世民出兵驻守蒲州，防备突厥。
八月壬戌日，突厥越过石岭，侵犯并州；癸亥日，侵犯灵州；丁卯日，侵犯潞州、沁州、韩州三州。
左武候大将军安修仁在且渠川进攻睦伽陀，将其击败。
朝廷下诏命安州大都督李靖从潞州道出兵，行军总管任瑰驻守太行，抵御突厥。颉利可汗率领十多万大军大肆劫掠朔州。壬申日，并州道行军总管张瑾与突厥在太谷交战，全军覆没，张瑾脱身逃往李靖处。行军长史温彦博被突厥俘虏，突厥人因温彦博在朝中担任要职，询问他国家的兵力粮草虚实，温彦博拒不回答，被突厥人流放到阴山。庚辰日，突厥侵犯灵武。甲申日，灵州都督任城王李道宗将其击败。丙戌日，突厥侵犯绥州。丁亥日，颉利可汗派遣使者请求议和后撤退。
九月癸巳日，突厥没贺咄设攻陷并州的一个县。丙申日，代州都督蔺謩将其击败。
癸卯日，朝廷开始命令太府寺核查校准各州的度量衡器具。
丙午日，右领军将军王君廓在幽州击败突厥，俘获、斩杀两千多人。接着，突厥侵犯蔺州。
冬季十月壬申日，吐谷浑侵犯叠州，朝廷派遣扶州刺史蒋善合率军救援。
戊寅日，突厥侵犯鄯州，朝廷派遣霍公柴绍率军救援。
十一月辛卯朔日，皇上前往宜州。暂代检校侍中的裴矩被罢免黄门侍郎职务。
戊戌日，突厥侵犯彭州。庚子日，朝廷任命天策府司马宇文士及暂代检校侍中。
辛丑日，朝廷将蜀王李元轨改封为吴王，汉王李元庆改封为陈王。
癸卯日，朝廷加封秦王李世民为中书令，齐王李元吉为侍中。
丙午日，吐谷浑侵犯岷州。戊申日，眉州山区的獠人反叛。
十二月辛酉日，皇上返回京城。庚辰日，皇上在鸣犊泉狩猎；辛巳日，返回宫中。随后，任命襄邑王李神符为检校扬州大都督。朝廷开始将扬州的州府及居民从丹杨迁移到长江以北。
到了公元626年，春季正月己亥日，朝廷下诏命太常少卿祖孝孙等人重新修订雅乐。甲寅日，朝廷下诏任命左仆射裴寂为司空。另外，每天派遣一名员外郎在他府上轮流值班。
二月庚申日，朝廷下诏任命齐王李元吉为司徒。丙子日，朝廷首次下令各州、县祭祀土地神和谷神，又允许百姓按乡里聚集立社，分别举行祈福和报谢神灵的仪式，以增进乡邻间的和睦。戊寅日，皇上亲自祭祀社稷。丁亥日，突厥侵犯原州，朝廷派遣折威将军杨毛率军迎击。
三月庚寅日，皇上前往昆明池；壬辰日，返回宫中。癸巳日，吐谷浑、党项侵犯岷州。戊戌日，益州道行台尚书郭行方进攻眉州反叛的獠人，将其击败。
壬寅日，梁师都侵犯边境，攻陷静难镇。丙午日，皇上前往周氏陂。辛亥日，突厥侵犯灵州。乙卯日，皇上返回宫中。
癸丑日，南海公欧阳胤奉命出使突厥，率领随从五十人密谋突袭可汗的牙帐；事情泄露，欧阳胤被突厥囚禁。丁巳日，突厥侵犯凉州，都督长乐王李幼良将其击退。戊午日，郭行方在洪州、雅州进攻反叛的獠人，大败敌军，俘获男女五千人。
夏季，四月丁卯日，突厥侵犯朔州；庚午日，侵犯原州；癸酉日，侵犯泾州。戊寅日，安州大都督李靖与突厥颉利可汗在灵州的硖石交战，从清晨一直打到下午，突厥才撤军。
这时，太史令傅奕上奏疏请求废除佛法，说：“佛教起源于西域，其言论荒诞且路途遥远；汉人翻译佛经时，肆意进行虚假编造。让不忠不孝之人削发为僧，对君主和父母行揖礼（不跪拜），让游手好闲之辈改换服饰逃避赋税徭役。佛教虚假宣扬地狱、饿鬼、畜生三涂之苦，荒谬编造天道、人道、阿修罗道、畜生道、饿鬼道、地狱道六道轮回，恐吓愚昧之人，欺骗平庸之辈。诱导人们忏悔过去的罪孽，虚妄地谋求未来的福报；布施一万钱，就希望得到万倍的回报，持斋一天，就企图获得百日的粮食。于是使愚昧之人妄求功德，肆无忌惮地违反禁令，轻易触犯法律；有的犯下谋反大逆之罪，身陷法网，才在狱中礼佛，企图免除罪责。况且生死寿夭是自然规律；刑罚、恩德、威严、福禄都由君主掌控；贫富贵贱是由功业造就的；而愚蠢的僧人却弄虚作假，声称这一切都由佛决定。谭恩窃取君主的权力，擅自干预自然造化之力，这种危害朝政的行为，实在令人痛心！从伏羲、神农到汉朝，都没有佛法，却君主贤明、臣子忠诚，国运长久。汉明帝开始设立胡神（佛像），西域僧人自行传播佛法。西晋以前，国家有严格的法令，不允许中原人擅自剃发为僧。到了苻氏、石氏统治时期，羌人、胡人扰乱中华，君主昏庸、臣子奸佞，政治暴虐、国运短促，梁武帝、齐襄公的下场，足以作为明镜。如今全国的僧尼数量超过十万，他们裁剪彩帛，装饰泥像，竞相制作邪术符咒，迷惑百姓。请下令让僧尼婚配，就能形成十万多户人家，生育子女后，经过十年养育、十二年教育，就可以补充兵力。全国百姓免受蚕食之害，知道福禄威权在于君主，那么妖惑之风自然革除，淳朴的教化就能复兴。我看到北齐朝章仇子佗的奏表说：‘僧尼徒众耗费国家财物，寺庙佛塔奢侈浪费，虚耗金银布帛。’由于众僧依附宰相，在朝廷上诋毁他，众尼依托王妃、公主，暗中诽谤他，章仇子佗最终被囚禁，在闹市被处死。等到周武帝平定北齐后，下令为他修墓封爵。我虽然不才，却私下仰慕他的行径。”
皇上诏令百官商议此事，只有太仆卿张道源称赞傅奕的话合理。萧瑀说：“佛是圣人，而傅奕却诋毁他；诋毁圣人就是无法无天，应当治他的罪。”傅奕说：“人与人之间最重要的伦理，莫过于君臣、父子。佛作为王世子却背叛父亲，以平民身份对抗天子。萧瑀并非生于空桑（无父之地），却遵奉这种无父之教。不孝顺父母的人就不会亲近他人，说的就是萧瑀啊！”萧瑀无法反驳，只是双手合十说：“设置地狱，正是为了惩罚这种人！”
皇上也厌恶沙门、道士苟且逃避徭役，不遵守戒律，情况正如傅奕所说。另外，寺庙、道观与市井店铺相邻，与屠夫、酒贩混杂相处。辛巳日，皇上下诏命令有关部门淘汰全国的僧尼、道士、女冠：将那些专心勤勉、修行精进的人，迁居到大型寺庙、道观，供给他们衣食，不得使其缺乏；那些平庸猥琐、行为粗鄙的人，全部勒令还俗，遣返回乡。京城保留三座寺庙、两座道观，各州各保留一座，其余的全部废除。
傅奕性格谨慎周密，担任占候之职后，断绝一切交游，所上奏的灾异现象，全部焚烧底稿，无人知晓具体内容。
癸未日，突厥侵犯西会州。
五月戊子日，虔州胡人成郎等人杀死长史，反叛归附梁师都；都督刘旻追击并斩杀了他们。壬辰日，党项侵犯廓州。戊戌日，突厥侵犯秦州。壬寅日，越州人卢南反叛，杀死刺史宁道明。丙午日，吐谷浑、党项侵犯河州。突厥侵犯兰州。丙辰日，朝廷派遣平道将军柴绍率军进攻胡人。
六月丁巳日，太白星出现在了白天（古人认为是不祥之兆）。
秦王李世民与太子李建成、齐王李元吉产生矛盾后，认为洛阳是地势险要的战略要地，担心一旦发生变故，难以自保，于是任命行台工部尚书温大雅镇守洛阳，派遣秦府车骑将军荥阳人张亮率领左右王保等一千多人前往洛阳，暗中结交崤山以东的豪杰，等待时机，并拿出大量金银布帛，任由他们使用。李元吉告发张亮图谋不轨，朝廷将张亮交付司法官吏审讯；张亮始终不发一言，朝廷只好释放他，让他返回洛阳。
李建成夜间召见李世民，设宴饮酒时在酒中下毒，李世民突然心痛难忍，吐血数升，淮安王李神通搀扶他返回西宫。皇上前往西宫探望李世民的病情，告诫李建成说：“秦王向来不能饮酒，从今以后不要再夜间设宴饮酒！”接着对李世民说：“最初提出反隋的重大谋略，平定天下，都是你的功劳。我想立你为太子，你却坚决推辞；况且李建成年长，作为太子已经很久了，我不忍心剥夺他的太子之位。观察你们兄弟之间似乎互不相容，住在同一京城，必然会发生纷争，我打算派你返回行台，驻守洛阳，陕州以东的地区都归你管辖。还允许你设置天子的旌旗仪仗，如同汉朝梁孝王的旧例。”李世民哭泣着，以不愿远离父皇膝下为由推辞。皇上说：“天下本是一家，东都和西都距离很近，我想念你时就可以前去探望，不必过分悲伤。”李世民即将出发时，李建成、李元吉商议说：“秦王如果到了洛阳，拥有土地和军队，就再也无法控制他了；不如将他留在长安，他不过是个普通百姓，要除掉他就容易了。”于是秘密指使几个人上奏密章，说：“秦王的亲信听说要前往洛阳，无不欢欣雀跃，观察他们的志向，恐怕不会再回来了。”又派遣亲近宠信的大臣以利害关系劝说皇上，皇上的想法因此改变，此事便搁置下来。
李建成、李元吉日夜在皇上面前诋毁李世民，皇上相信了他们的话，准备治李世民的罪。陈叔达劝谏说：“秦王对天下立下大功，不能废黜他。况且他性情刚烈，如果受到压制挫折，恐怕会承受不住忧愤，引发意外疾病，陛下到时后悔就来不及了！”皇上才作罢。李元吉秘密请求杀死李世民，皇上说：“他有平定天下的功劳，罪状还不明显，用什么作为借口呢！”李元吉说：“秦王当初平定东都后，观望不前，不愿返回长安，散发金银布帛来树立个人恩德，又违抗敕命，这不是谋反是什么！只需尽快杀了他，还担心没有借口吗！”皇上没有回应。
秦府的僚属都担忧恐惧，不知如何是好。行台考功郎中房玄龄对於比部郎中长孙无忌说：“如今嫌隙已经形成，一旦祸患突然发生，不仅秦府会化为乌有，实在也是国家的忧虑；不如劝说秦王效仿周公诛杀管叔、蔡叔的做法，来安定家国。存亡的关键，刻不容缓，就在今天！”长孙无忌说：“我早就有这个想法，只是不敢说出口；如今你所说的，正合我意，我会立即向秦王禀报。”于是入宫告知李世民。李世民召见房玄龄商议，房玄龄说：“大王功劳盖过天地，应当继承大业；如今面临的忧患危险，正是上天赐予的机会，希望大王不要犹豫！”于是与府属杜如晦一同劝说李世民诛杀李建成、李元吉。
李建成、李元吉因秦王府有很多骁勇的将领，想引诱他们为己所用，秘密将一车金银器物赠送给左二副护军尉迟敬德，并且写信招降他说：“希望得到长者的眷顾，恢复平民时期的交情。”尉迟敬德推辞说：“我尉迟敬德是出身贫寒之人，遭遇隋末战乱流离失所，长期沦落在叛逆之地，罪该万死。秦王赐予我再生之恩，如今又在秦王府任职，我只能以死相报；我对殿下没有功劳，不敢谬领如此厚重的赏赐。如果私下与殿下结交，就是怀有二心，贪图利益而忘记忠诚，殿下又怎么会重用这样的人呢！”李建成大怒，于是与他断绝来往。尉迟敬德将此事告知李世民，李世民说：“你的忠心如同山岳，即使对方堆积黄金到北斗星的高度，我也知道你不会动摇。他赠送的东西只管收下，有什么可顾忌的！而且还能借此了解他的阴谋，难道不是良策吗！否则，祸患将会降临到你身上。”不久，李元吉派壮士在夜间刺杀尉迟敬德，尉迟敬德得知后，敞开重重门户，安然入睡，刺客多次来到庭院，最终不敢进屋。李元吉于是在皇上面前诋毁尉迟敬德，皇上下令将他关进监狱审讯，准备处死他。李世民坚决请求赦免，尉迟敬德才得以幸免。李元吉又诋毁左一马军总管程知节，将他外放为康州刺史。程知节对李世民说：“大王的亲信和羽翼都快被剪除殆尽了，自身还能长久吗！我程知节誓死不离开京城，希望大王尽早决断。”李元吉又用金银布帛引诱右二护军段志玄，段志玄拒不接受。李建成对李元吉说：“秦王府有谋略的人士中，值得忌惮的只有房玄龄、杜如晦罢了。”于是两人都在皇上面前诋毁他们，将他们驱逐出秦王府。
李世民身边的亲信只剩下长孙无忌还留在府中，他与舅舅雍州治中高士廉、左候车骑将军三水人侯君集以及尉迟敬德等人，日夜劝说李世民诛杀李建成、李元吉。李世民犹豫不决，向灵州大都督李靖询问对策，李靖推辞不答；又向行军总管李世积询问，李世积也推辞不答；李世民因此更加敬重这两个人。
恰逢突厥郁射设率领数万骑兵屯驻在黄河南岸，侵入边塞，包围乌城，李建成推荐李元吉代替李世民统领各路军队北征；皇上采纳了他的建议，命令李元吉统领右武卫大将军李艺、天纪将军张瑾等人援救乌城。李元吉请求让尉迟敬德、程知节、段志玄以及秦府右三统军秦叔宝等人与他一同前往，挑选秦王帐下的精锐士兵来增强李元吉的军队实力。率更丞王晊秘密告知李世民说：“太子对齐王说：‘如今你得到秦王的骁勇将领和精锐士兵，拥有数万大军，我与秦王在昆明池为你饯行，让壮士在帐幕下将他拉扯杀死，上奏说他突然去世，皇上应该不会不相信。我会派人劝说皇上，让他将国家大事交给我处理。尉迟敬德等人既然落到你的手中，就应当全部活埋，谁敢不服！’”李世民将王晊的话告知长孙无忌等人，长孙无忌等人劝说李世民先发制人。李世民叹息说：“骨肉相残，是古今以来最大的恶行。我确实知道祸患就在眼前，但想等到他们先动手，然后再以正义之名讨伐他们，不也可以吗！”尉迟敬德说：“人之常情，谁不珍惜生命！如今众人甘愿以死侍奉大王，这是上天赐予的机会。祸患即将发生，而大王还安然不以为忧，大王即使轻视自己的生命，又怎能不顾及宗庙社稷呢！如果大王不采纳我的建议，我将逃入民间，不能再留在大王身边，坐等被杀害！”长孙无忌说：“不采纳尉迟敬德的建议，事情现在就会失败。尉迟敬德等人必定不会再为大王所用，我也会跟随他们离开，不能再侍奉大王了！”李世民说：“我所说的也并非完全没有道理，你们再想想其他办法。”尉迟敬德说：“大王如今处事犹豫不决，这是不智；面临危难而不能决断，这是不勇。况且大王平时蓄养的八百多名勇士，现在已经进入宫中，身披铠甲、手持兵器，局势已经形成，大王还能阻止吗！”
李世民询问秦府僚属的意见，众人都说：“齐王凶狠暴戾，终究不会侍奉太子。近来听说护军薛实曾对他说：‘大王的名字，合起来是“唐”字，大王最终会主持大唐的祭祀。’齐王高兴地说：‘只要除掉秦王，夺取东宫易如反掌。’他与太子图谋作乱还未成功，就已有夺取太子之位的野心。野心没有满足的时候，什么事做不出来！如果让他们二人得偿所愿，恐怕天下就不再归大唐所有了。以大王的贤能，除掉他们就像捡起地上的草芥一样容易，为何要固守匹夫的节操，而忘记国家大计呢！”李世民仍犹豫不决，众人问：“大王认为舜是怎样的人？”李世民答：“圣人。”众人说：“如果舜挖井时被埋而不出来，就会成为井中的泥土；修补粮仓时被烧而不下来，就会成为粮仓上的灰烬，怎能恩泽天下、为后世树立榜样呢！因此，父亲用小杖打就接受，用大杖打就逃走，是因为要保全自身以成就大事。”李世民下令占卜，幕僚张公谨从外面进来，夺过龟甲扔在地上，说：“占卜是为了决断疑难；如今事情毫无疑虑，还占卜什么！即使占卜结果不吉利，难道就能停止行动吗！”于是最终定下计策。
李世民让长孙无忌秘密召见房玄龄等人，房玄龄等人说：“皇上下令不准我们再侍奉大王；如今若私自拜见，必定会被处死，不敢遵令。”李世民大怒，对尉迟敬德说：“房玄龄、杜如晦难道要背叛我吗！”取下身上的佩刀交给尉迟敬德：“你去看看，如果他们没有前来的心意，就砍下他们的首级回来。”尉迟敬德前往，与长孙无忌一同告知他们：“大王已下定决心，你们应迅速入宫商议大事。我们四人不能一同在路上行走。”于是让房玄龄、杜如晦穿上道士服，与长孙无忌一同入宫，尉迟敬德从另一条路也赶到了。
己未日，太白星再次白天出现。傅奕秘密上奏：“太白星出现在秦地的分野，秦王应当拥有天下。”皇上将奏表交给李世民。于是李世民秘密上奏李建成、李元吉淫乱后宫，并且说：“我对兄弟没有丝毫亏欠，如今他们想要杀我，似乎是为王世充、窦建德报仇。我如今含冤而死，将永远离开君主和亲人，魂魄归于地下，实在耻于见到这些叛贼！”皇上看完奏表，十分惊愕，回复说：“明天我会审问此事，你应早点入朝参奏。”
庚申日，李世民率领长孙无忌等人入宫，在玄武门埋伏士兵。张婕妤暗中得知李世民的意图，派人疾驰告知李建成。李建成召见李元吉商议，李元吉说：“应当率领东宫和齐府的军队，借口生病不上朝，以观察形势。”李建成说：“军队防备已经严密，我应当与你入宫参奏，亲自打听消息。”于是二人一同入宫，直奔玄武门。皇上当时已召见裴寂、萧瑀、陈叔达等人，准备审问此事。